Prezidij Odbora regij sestavljajo predsednik, prvi podpredsednik, po eden podpredsednik iz vsake države članice, nadaljnjih 26 članov in tudi predsedniki frakcij. Za Avstrijo sta predvidena 2 zastopnika. Prezidij je izvoljen na plenarni skupščini za obdobje dveh let in pol. Zadolžitve prezidija so predvsem v tem, da sestavi politični program odbora. Poleg tega prezidij koordinira delovanje plenarne skupščine in strokovnih komisij.
Zadolžitve predsednika EOR so prvenstveno v vodenju odbora regij in v zastopanju gremija v zunanjih zadevah. V teh zadolžitvah mu pomaga ne samo podpredsednik ampak tudi generalni sekretar , ki pa ni član prezidija. Od sredine letošnjega leta je predsednik Odbora regij Alves Vasco Cordeiro iz avtonomne regije Azori.
Delegacijo Republike Slovenije vodi župan občine Slovenska Bistrica dr. Ivan Žagar, Koroško pa zastopa njen deželni glavar dr. Peter Kaiser.
